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Torrent Suite软件插件,全方位管理HID应用

赛默飞HID法庭科学2018-06-24 04:51:38
IonS5和IonS5XL凭借着高效的运作以及精准的测序结果,最大限度地减轻了法庭鉴定人员的压力。而事实上,在它们高效运转的身体内部,一直以来都存在着一颗贯通一切讯息的“大脑”。 

在Ion S5测序仪上处理原始数据、碱基检出、变异检出和基因分型结果。如果采用Ion S5 XL系统,则将这些内容传输到专用的Ion S5 Torrent服务器上,以便更快速地分析。 Torrent Suite软件用于筹划测序反应和开展插件分析。


相关插件能够有效拓展当前仪器软件的功能,为用户提供了全方位管理HID应用的强大手段。Torrent Suite软件能够通过不同的插件以及 Ion Community提供的其他插件,帮助您在每次运行结束时定制自己的分析项目-变异检出与组测序(de novo assembly)功能已涵盖于软件中。


HID SNP Genotyper插件是一款综合工具,能够针对精准身份鉴定(Precision ID)个体识别试剂盒和始祖鉴定试剂盒两款产品为用户提供简化的分析和报告功能。其使用Torrent Variant Caller识别特异热点的基因型,进行生物地理来源预测(图5),Y谱系预测,并能计算随机匹配概率(RMP)。因此,用户拥有了灵活的选择,可快速阅读检出的基因分型,通过内参评估数据质量,并通过可视化表格、柱形图,以及NCBI资源第三方应用及以及IntegratedGenome Viewer (IGV)和来执行更多数据探索工作。


此外,HID SNP Genotyper插件还支持下载综合分析报告和批量基因分型数据,来帮助用户开展进一步分析。


HID STR Genotyper插件采用了专利化的算法,能够分析STR区的测序数据,并基于序列上下游信息来生成等位基因检出结果。针对每一位点提供的交互式等位基因覆盖度图表和质量标准(图6),能够帮助NGS用户简化分析STR的复杂程度本工具还可输出等位基因检出结果,并将其应用于混合物分析或数据库检索等后续的下游操作。最新版本的插件还包含了经显著优化的算法,大大提升了信噪比(效果提升达3至30倍左右)。


Torrent Variant Caller是一款用于Ion Torrent™测序平台的遗传变异检出工具,专门针对在统计学模型中发掘底层流量信号信息的应用进行了优化,可能够帮助用户开展变异评估(图7)。Torrent Variant Caller可检出单核苷酸多态性(SNP)、多核苷酸多态性(MNPs)、插入、缺失和区块置换等变异。


法医鉴定过程中,测序系统与鉴定人员之间并不只是单纯的操作与被操作。在实验室内,真相的产生,与其说是法医利用工具不如说是两颗“大脑”相互协作的结果。而深植于测序系统内部的Ion Torrent HID软件插件,就是你的第二颗大脑。